La nivelul județului, DSP Harghita răspunde de coordonarea monitorizării stării de sănătate și a organizării statisticii de sănătate, precum și de supravegherea, planificarea și derularea investițiilor finanțate de la bugetul de stat pentru sectorul de sănătate. Coordonează la nivel județean activitatea antiepidemică, coordonează metodologic și supraveghează activitatea medicală primară, de urgență, de specialitate și spitalicească pentru optimizarea accesului populației și acoperirii teritoriale cu servicii de sănătate preventive și curative de calitate. Răspunde de implementarea pe plan județean a strategiei naționale de sănătate publică și îndrumă elaborarea planului strategic de sănătate județean și local.